Existen varias formas de diagnosticarla, desde luego, una vez que se inicia vida sexual se pueden realizar pruebas tan sencillas como la citología cervicovaginal o Papanicolaou, exámenes como la colposcopia, éstas dos se pueden realizar simultáneamente y se complementan muy bien, de manera que podemos tener un buen porcentaje de certeza en el diagnóstico de la IVPH. Cuando en la colposcopia se identifica alguna sospecha de la infección por el VPH o de lesión, es necesario tomar una biopsia del tejido y la analiza el patólogo para confirmar o descartarla, a esa muestra se le realizan análisis especiales. Actualmente se han agregado unas pruebas tan específicas que se llaman “moleculares”, dichas pruebas se realizan en una muestra parecida a la del Papanicolaou, estas son la  Captura de Híbridos y la Reacción en Cadena de Polimerasa (PCR por sus siglas en inglés), estás pueden ser útiles en casos especiales, por ejemplo, en aquellos en los que la infección por VPH es persistente, es decir, cuando se ha detectado en dos pruebas o más en el transcurso de dos años.